Chrome своевольно переставляет закладки на Панели закладок есть решение

Через настройки с ноута нажал «Отключить аккаунт Google», на десктопе прошел по ссылке из настроек «Настроить синхронизацию можно в «Личном кабинете Google», нажал «Остановить и удалить», пересортировал на декстопе закладки в нужном порядке, залогинился в браузер, синхра записалась, залогинился на ноуте, все синхронизировалось с десктопом.

http://habrahabr.ru/qa/26781/